대신 양측은 토지 사용요율에 대해 인천국제공항 화물터미널 지역 민자 시설을 사용하는 복운협회(회원사 포함)에 적용되는 토지 사용요율은 13%로 하기로 합의했다. 그러나 적용기간은 공항공사와 민자 사업자별로 결정되는 기간으로 하고, 그 이후의 사용요율은 쌍방협의에 따라 다시 정하기로 했다.

이미 납부한 토지 사용료에 대한 환급에 대해선 공항공사와 해당 민자 사업자의 재판결과에 따르기로 했다. 또 복운협회의 회원사는 공항공사가 재판결과에 따라 해당 민자 사업자에게 반환한 후 민자 사업자로부터 직접 환급받기로 했다.

아울러 복운협회는 화물터미널 토지 사용료와 관련해 공정 거래위원회에 공항공사를 신고한 이번 사건을 서면으로 즉시 취소를 요청해 사건을 종결하기로 했다.

이에앞서 서울남부지방법원은 인천공항외항사터미널(주)이 제기한 토지사용료 반환소송에 대해 피고(인천공항공사)는 2006년 4월 30일까지 인천공항외항사터미널(주)에 2005년 3월 29일부터 2006년 3월 28일까지 토지사용료로 이미 납부한 금액과 연 13%의 사용요율을 적용한 금액과의 차액인 8억 2,244만 5,689원을 반환해야 한다고 밝혔다. 이 기일이 경과한 경우에는 연 20%의 비율에 의한 지연손해금을 가산해 지급한다. 이같은 결정은 최종 판결이전의 ‘조정을 갈음하는 결정조서’이기 때문에 최종적인 법적 효력은 갖지 않는다.

피고는 원고 인천공항외항사터미널(주)에게 8억 2,244만 원의 10%에 해당하는 부가가치세를 반환한다. 그 반환시점은 피고가 관한세무서에 환급신청을 하여(위 원고는 세금계산서의 재발행 등 피고의 부가가치세 환급신청절차에 협조해야 한다) 호나급 또는 공제가 무무리된 날로부터 3영업일 이내로 하고 만일 이 기간을 경과할 경우에는 이를 반환하여야 할 부가가치세에 대해서도 연 20%의 지연 손해금을 가산해 지급한다.

2006년 3월 29일부터 2013년 5월 28일까지 원고 인천공항외항사터미널(주)가 화물터미널 C의 화물터미널동(창고, 사무실, 편의시설) 및 운송대리점 등(사무실, 편의시설)의 부지사용에 대한 댓가로 피고에게 지급해야할 토지 사용료(단 UPS, FedEx의 사용부문은 제외한다)의 사용요율은 연 13%로 하기로 하고, 그 이후의 사용요율은 쌍방 합의에 따라 다시 정하기로 한다.